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ESDA in PySAL (1) 利用 A-DBSCAN 聚类点并探索边界模糊性
在本例中，我们将以柏林的 AirBnb 房源样本为例，说明如何使用 A-DBSCAN (Arribas-Bel et al., 2019)。A-DBSCAN 可以让我们做两件事：
- 识别高密度 AirBnb 房源集群并划定其边界
- 探索这些边界的稳定性
%matplotlib inlineimport pandas
import geopandas
import numpy as np
import contextily as cx
import matplotlib.pyplot as plt
from shapely.geometry import Polygon
from libpysal.cg.alpha_shapes import alpha_shape_autoimport sys
sys.path.append("../")
try:from esda.adbscan import ADBSCAN, get_cluster_boundary, remap_lbls
# This below can be removed once A-DBSCAN is merged into `esda`
except:print("Import from local folder...")import syssys.path.append("../esda")from adbscan import ADBSCAN, get_cluster_boundary, remap_lbls
数据
我们将使用 Inside Airbnb 中的柏林提取数据。这与 Scipy 2018 tutorial on Geospatial data analysis with Python中使用的数据集相同。
tab = pandas.read_csv("data/berlin-listings.csv")
tab.head(2)
| Unnamed: 0 | id | listing_url | scrape_id | last_scraped | name | summary | space | description | experiences_offered | ... | review_scores_value | requires_license | license | jurisdiction_names | instant_bookable | cancellation_policy | require_guest_profile_picture | require_guest_phone_verification | calculated_host_listings_count | reviews_per_month | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 0 | 0 | 17260587 | https://www.airbnb.com/rooms/17260587 | 20170507222235 | 2017-05-08 | Kunterbuntes Zimmer mit eigenem Bad für jedermann | Meine Unterkunft ist gut für paare, alleinreis... | NaN | Meine Unterkunft ist gut für paare, alleinreis... | none | ... | 10.0 | f | NaN | NaN | t | flexible | f | f | 3 | 2.00 |
| 1 | 1 | 17227881 | https://www.airbnb.com/rooms/17227881 | 20170507222235 | 2017-05-08 | Modernes Zimmer in Berlin Pankow | Es ist ein schönes gepflegtes und modernes Zim... | Das Haus befindet sich direkt vor eine Tram Ha... | Es ist ein schönes gepflegtes und modernes Zim... | none | ... | 10.0 | f | NaN | NaN | t | flexible | f | f | 1 | 1.29 |
2 rows × 96 columns
原始数据集包括 20,000 多个观测值：
tab.shape
(20053, 96)
为了让图解在任何硬件上运行得更快一些，让我们随机抽取 10%的样本，即随机抽取 2,000 个属性：
tab = tab.sample(n=2000, random_state=1234)
为方便起见，我们将其转换为 “GeoDataFrame”，其中的几何图形是根据原始表格中的长/纬度列建立的：
db_ll = geopandas.GeoDataFrame(tab,geometry=geopandas.points_from_xy(tab.longitude, tab.latitude),crs={'init': 'epsg:4326'})
/home/serge/anaconda3/envs/analytical/lib/python3.7/site-packages/pyproj/crs/crs.py:53: FutureWarning: '+init=<authority>:<code>' syntax is deprecated. '<authority>:<code>' is the preferred initialization method. When making the change, be mindful of axis order changes: https://pyproj4.github.io/pyproj/stable/gotchas.html#axis-order-changes-in-proj-6return _prepare_from_string(" ".join(pjargs))
因为我们要运行一个依赖于距离的算法，所以我们需要能够在投影平面上计算这些距离。我们使用为德国设计的ETRS89投影来代替原始的长/纬度坐标，并以米为单位：
db = db_ll.to_crs(epsg=5243)
*现在我们可以将数据集可视化了：
ax = db.plot(markersize=0.1, color='orange')
cx.add_basemap(ax, crs=db.crs.to_string());